En 1543 Vaet est garçon de chorale à Courtrai, puis rentre à l’université en 1547. En 1550 il est maître de chapelle à la cour de Charles quint, en 1553 il est au service de l’archiduc Maximilien et à partir de 1554 il devint maître de chapelle à la cour de Prague puis à partir de 1564 à la cour de Vienne.
Son œuvre consiste presque entièrement en musique d’église, y compris beaucoup de messes de parodie sur les modèles des compositeurs tels que Josquin et Crecquillon.