Au commencement du 13ème siècle, la chancellerie de Frédéric II expédia sur papier quelques mandements de l’empereur, mais bientôt la fragilité et le peu de durée de ce produit, facilement altéré par l’humidité, en fit proscrire l’emploi pour la rédaction des actes dont on voulait assurer la conservation. En 1231, Frédéric II, en défendit l’emploi pour les actes publics, et Alphonse le Savant, en Espagne, distingua avec soin les écritures que l’on pouvait faire sur papier de celles que l’on devait faire sur parchemin.
L’interdiction de rédiger les actes sur papier devint une clause des brevets de nomination des notaires impériaux et fut même insérée dans les privilèges qui conféraient aux comtes le droit de créer des notaires ; ceux-ci, au 14ème et au 15ème siècle encore, devaient prêter serment en entrant en charge de se conformer à cette défense.
Cependant, au cours du 13ème siècle lorsque des fabriques de papier furent établies en Italie, en Espagne et dans la France méridionale, ce nouveau produit, devenu beaucoup moins cher que le parchemin, se vulgarisa rapidement. On ne l’employa ni pour les actes solennels, ni pour aucun de ceux qui devaient supporter des sceaux pendants, mais on s’en servit couramment pour les lettres missives, les lettres closes, les mandements, les cédules, les pièces financières, les actes de procédure, les minutes, et surtout pour les rouleaux et les registres de toutes sortes, registres de notaires, de comptes, de chancellerie, etc.
En France on connaît de nombreux registres et actes des notaires marseillais depuis 1248, le registre de reconnaissance du Briançonnais de 1260, aux archives de l’Isère ; le registre des comptes d’Alphonse de Poitiers de 1243 à 1248 ; le registre des enquêteurs royaux dans la sénéchaussée de Beaucaire de 1248, le registre des sentences des commissaires royaux dans le Toulousain de 1272 à 1274, La charte du dauphin jean II aux habitants de la ville de Voreppe. Tous ces documents, on le voit, proviennent de la France méridionale. Ce fut dans les dernières années du 13ème siècle qu’apparaissent les filigranes qui sont des marques de fabrique, et, à partir du 14ème siècle, la grande majorité des papier en est pourvue.
Les expressions usitées dans les textes du moyen âge pour désigner le papier furent celles-là mêmes qui avaient servi auparavant à désigner le papyrus, dont l’usage était tombé en désuétude, on l’appellera charta et plus souvent papirus, charta papiri, parfois aussi charta bambacis, banbagina, bonbycina. Le papyrus, le parchemin et le papier ont été en somme les 3 seules matières sur lesquelles on a écrit des chartes pendant le moyen âge. En France, c’est dans le Midi et spécialement en Dauphiné que l’on a signalé la plupart des inscriptions qui reproduisent des chartes. A noter la charte de franchise d’Étoile dans la Drôme, de 1244, gravée sur une table de marbre encastrée au-dessus de la porte latérale de l’église d’Étoile. Ces monuments sont relativement rares au nord de la Loire, si on exempte la charte de Simon de Montfort pour la ville de Saint Arnoult en 1201-1202, qui présente la particularité d’un sceau gravé.