Né au château de Loyola sur la commune d’Azpeitia, à 25 kilomètres au sud-ouest de Donostia-San Sebastián dans la province de Guipuzcoa, au Pays basque Espagnol.
Dernier né d’une fratrie de 13 enfants, il grandit au sein d’une famille de la petite noblesse basque, alliée traditionnelle de la maison de Castille. Il a seulement 7 ans quand sa mère, Marina Saenz de Lieona y Balda, mourut et il noua une relation forte avec son père, don Beltrán Yáñez de Oñez y Loyola.
En 1506, il devient page de cour, puis gentilhomme et secrétaire au service d’un parent de sa mère, Juan Velázquez de Cuéllar, trésorier général de la Reine de Castille, Isabelle la Catholique. Il mène pendant 10 ans une vie de Cour. Il se lie avec la princesse Catalina, sœur de Charles Quint, séquestrée par sa mère Jeanne la Folle à Tordesillas.
En 1516, la mort de Ferdinand d’Aragon à qui succède Charles Quint entraîne le renvoi de Juan Velázquez et donc d’Ignace. En 1517, Ignace entre dans l’armée du vice-roi de Navarre, rattachée en 1512 au Royaume de Castille. Le 20 mai 1521, alors qu’il a atteint l’âge de 30 ans, il se retrouve à défendre la ville de Pampelune contre les troupes franco navarraises, qui avec l’appui de François 1er, cherchait à récupérer la couronne de Navarre au bénéfice de la famille d’Albret. Submergés par le nombre, les Espagnols voulurent se rendre, mais Ignace les exhorte à se battre. Une jambe blessée, l’autre brisée par un boulet de canon, il est ramené à son château et « opéré », mais sa jambe droite restera plus courte de plusieurs centimètres pour le restant de sa vie.
Blessé, il entama sa conversion et il mena jusqu’au début de 1523 une vie d’ermite au cours de laquelle il commença la rédaction de la 1ère version de “Exercices spirituels”. Il prend alors la route de la Terre Sainte et, le 20 mars 1523, embarque pour l’Italie. Béni à Rome par le pape Adrien VI, il continue son périple jusqu’à Venise, et parvient à Jérusalem ou il ne resta que 3 semaines en septembre 1523, avant d’être prié par les frères franciscains de quitter le pays. À nouveau en Italie, traversée par les armées espagnoles et françaises, il se retrouve à Venise et se convainc de l’absolue nécessité d’étudier pour enseigner. Après la méthode religieuse mise au jour dans les Exercices, la conviction du rôle des études va être une autre des caractéristiques du futur projet jésuite. Il est de retour à Barcelone en mars 1524.
Il entrepris des études universitaires à Alcala, Salamanque puis Paris entre 1528 et 1535. Il est reçu maître ès arts le 13 mars 1533. Pendant ce temps, ayant débuté ses études de théologie, il est licencié en 1534, mais il ne peut être reçu docteur, ses ennuis de santé le conduisant hors de Paris en mars 1535.
Il regroupe autour de lui des étudiants de qualité issus d’horizons divers,. Il connut en particulier au collège Sainte-barbe, ses 2 premiers compagnons qui furent le Savoyard Pierre Favre et le Navarrais Francisco Iassu de Aprizcuelta y Xavier dit François Xavier ; puis, Diego Lainez et Alonso Salmerón le rallièrent, enfin, Nicolás Bobadilla et Simón Rodríguez de Azevedo, un Portugais.
Après avoir quitté Paris, il se rend 6 mois en Espagne puis à Bologne, où incapable de se remettre aux études, il se consacre à des œuvres de charité attendant que ses compagnons rejoignent Venise sur la route de Jérusalem. Mais la guerre avec les Turcs les empêche de poursuivre. Ils décident de reporter d’un an leur engagement, après quoi ils se mettront à disposition du pape.
Ordonné prêtre en 1537, et en compagnie de Pierre Favre et Laynez prennent en octobre 1537 la route de Rome.
À Rome, Alexandre Farnèse venait en 1534 d’être élu pape, sous le nom de Paul III. Il semble rapidement voir tout le profit à tirer de cette nouvelle société de prêtres savants, rigoureux, intègres et d’un immense volontarisme réformateur. En novembre 1538, Paul III, après de nombreux contacts avec Lainez, reçoit Ignace et ses compagnons venus faire leur “oblation” au pape. Celui-ci leur ordonne de travailler à Rome. Dès lors, s’ébauche la Compagnie de Jésus ou Ordre des jésuites. Congrégation catholique reconnue par le pape Paul III le 27 septembre 1540, dans sa bulle Regimini militantis ecclesiae et qui prit une importance considérable dans la réaction de l’église catholique aux 16ème et 17ème siècles, face à l’ébranlement causé par la Réforme protestante.
Le 22 avril 1541, il fut élu, en dépit de ses réticences, premier supérieur général de la Compagnie de Jésus et passa la fin de sa vie à Rome. À la tête des Jésuites, il devint le fer de lance de la lutte contre le protestantisme et un ardent promoteur de la Réforme catholique, aussi appelée Contre-Réforme. Il envoya ses compagnons comme missionnaires en Europe pour créer un réseau d’écoles de collèges et de séminaires. Juan de Vega, l’ambassadeur de Charles Quint à Rome y avait connu Ignace.
L’estimant énormément ainsi que ses jésuites, quand il fut nommé Vice-roi de Sicile, il y attira ceux-ci. Un premier collège fut fondé en 1548 à Messine ; il eut rapidement un grand succès et ses règles et méthodes furent ensuite reproduites partout.
À sa mort, le 31 juillet 1556 à Rome, la Compagnie de Jésus comptait déjà plus de 1000 membres répartis dans 12 Provinces, 72 résidences et 79 maisons et collèges. Il fut canonisé par le pape Grégoire XV le 12 mars 1622.
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