Il fut tour à tour chanteur, théologien et auteur de musique en Italie du Nord et en Autriche. Il a été notamment au service de l’archiduc Charles II à Graz et à Vienne.
Né à Pesaro en Italie et après avoir perdu ses parents alors qu’il est tout jeune, il est recueilli par son oncle Orazio puis, à l’âge de 8 ans, par son oncle Francesco qui était au service de l’évêque de Novare, Giovanni Antonio Serbelloni. Il fut page de la cour épiscopale pendant un an et demi avant de retourner dans les Marches.
À l’âge de 13 ans, il entre en noviciat chez les Augustins et fut ordonné prêtre en 1575. Il séjourna dans le monastère de San Severino où il chanta des madrigaux à la cour épiscopale. Il parti ensuite à Ancône où il s’initia à la pratique de nombreux instruments, tels que le clavecin, le luth ou la viole de gambe.
En 1577, grâce au cardinal Serbelloni, il part étudier le contrepoint à Venise auprès d’Andrea Gabrieli. Il restera son élève pendant 6 ans. Il améliora sa technique de chant au point de devenir un professeur renommé, mais il échoua cependant en 1584 à un concours ouvert pour pourvoir à un poste de ténor à la basilique Saint-Marc. C’est à cette époque qu’il rencontra Gioseffo Zarlino.
Le 20 juillet 1585, il fut engagé comme chanteur et musicien auprès de l’archiduc Charles II à la chapelle archiducale de Graz. Il conserva ce poste jusqu’à la mort de l’archiduc en 1590. Pendant cette période, il commença l’écriture de la première partie de son traité de musique “Prattica di musica” qui sera publiée en 1596. De 1591 à 1595, il occupa les mêmes fonctions à Munich auprès du duc Guillaume V de Bavière où il travailla sous la direction de Roland de Lassus.
En 1596, il retourna en Italie, tout d’abord à Gênes et effectua des missions en Crète. Au cours de ces années, il se consacra plus particulièrement à ses tâches religieuses. À partir de 1612, il retourna à Pesaro où il fut le dernier prieur de l’abbaye. Il finit ses jours à Fiorenzuola di Focara, un bourg médiéval situé aujourd’hui sur la commune de Pesaro.