Fils de Savary III. Il épouse Agnès de Blois fille de Eudes 1er comte de Blois et de Berthe de Bourgogne.
Il succède à son oncle Raoul 1er en 1015. Il poursuit la guerre engagée par Raoul contre le comte Guillaume V de Poitiers, et le sire Hugues IV de Lusignan dit Le Brun et Le Chiliarque. Après des victoires et défaites réciproques, la paix finit par se faire sur la base du mariage de la fille de Geoffroy II, Audéarde, avec Hugues IV de Lusignan.
Ses relations avec le comte d’Anjou, Foulque III Nerra, furent difficiles, celui-ci construit en 1026 un château à Montfaucon, et se réimplante fortement à Montreuil à 20 km au nord de Thouars dont il confie la garde à un fidèle, Berlai. Ce dispositif est une véritable menace sur le vicomte et sa ville, et les constructions dans les années 1030 de Moncontour, de Loudun et de Mirebeau ne firent que la renforcer par l’encerclement ainsi réalisé des domaines du vicomte. En outre les seigneurs de Parthenay étaient de fidèles alliés du comte d’Anjou.
Pour autant en 1030, il s’allie avec le fils de Foulques Nerra, Geoffroy Martel, comte de Vendôme qui vient d’épouser Agnès de Bourgogne, veuve du duc Guillaume V de Poitiers dit Guillaume le Grand. Il l’assiste dans sa tentative de prise du pouvoir du comté de Poitiers et du duché d’Aquitaine. Alors que Geoffroy Martel ravage les environs de Poitiers, le nouveau duc Guillaume le Gros en fait de même dans les régions de Loudun et Mirebeau qui sont alors sous influence Angevine. Le 9 septembre 1033, Geoffroy Martel et Geoffroy II de Thouars, battent et font prisonnier Guillaume le Gros au Mont-Couer près de Taizé et Saint Jouin de Marnes.
Geoffroy de Thouars se fit moine à Saint-Michel-en-l’Herm juste avant de mourir en 1055.