Fils de Duncan 1er dit Duncan le Gracieux, roi de Strathclyde et roi d’Écosse, et de Sybille de Huntingdon. Après l’assassinat de son père, le 14 août 1040, il ne lui succède pas, le trône étant usurpé par son cousin Macbeth 1er.
En 1054, il réussit à obtenir l’aide du roi d’Angleterre Édouard le Confesseur, qui lui prête une armée pour reconquérir son trône. Le roi Macbeth est tué en 1057, et son successeur, Lulach 1er, en 1058. Malcolm III est couronné roi d’Écosse le 25 avril 1058, en l’abbaye de Scone, dans le Perthshire. Malcolm épousa vers 1060 Ingeborg Finndottir veuve de Torfinn II Jarl des Orcades morte avant 1069.
Aussitôt monté sur le trône, il renouvelle son alliance avec l’Angleterre, alliance qui est scellée par son second mariage en 1070 avec la princesse Marguerite d’Angleterre, plus tard connue sous le nom de sainte Marguerite d’Écosse, petite-nièce du défunt roi Édouard le Confesseur et sœur du nouveau roi Edgar II.
Après les règnes éphémères des rois d’Angleterre Edgar II et Harold II, en 1066, il tente sans grand succès de lutter contre Guillaume le Conquérant, dont il doit reconnaître la suprématie en 1072. Une nouvelle guerre, en 1093, contre un autre roi d’Angleterre, Guillaume II, se solde par une lourde défaite écossaise et par la mort de Malcolm III et de son fils Edward, auquel succède son frère Donald III.
Ultérieurement, 4 fils de Malcolm III deviennent à leur tour rois d’Écosse, Duncan II, Edgar 1er, Alexandre 1er et David 1er.
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