Il a succédé comme calife abbasside de Bagdad à son grand-père Al-Qâ’im en 1075. Son règne s’est presque entièrement déroulé sous la tutelle du sultan Seljoukide Malik Chah 1er, et de son vizir Nizâm al-Mulk qui sont morts tous les deux en 1092. Les cités saintes d’Arabie ne sont plus aux mains des Fatimides. Le sunnisme est restauré comme doctrine officielle.
Le Sultan Malik Chah a donné en mariage sa fille au Calife. Il espérait unir les deux lignées abbassides et seldjoukides. Le mariage fut stérile.
L’épouse insatisfaite s’est retirée à Ispahan. Le Sultan envisagea d’éloigner le calife du centre du pouvoir en l’exilant à Bassora. Malik Chah va mourir peu après cette décision.
Nizam al-Mulk fut tué sur la route d’Ispahan à Bagdad, le 14 octobre 1092. Le commanditaire de ce meurtre serait Malik Chah à cause d’une querelle de pouvoir entre eux. Malik Chah aurait été empoisonné quelque temps plus tard par de loyaux serviteurs du vizir issus de la Nizamiyya. Al-Muqtadî est mort en 1094, son fils Al-Mustazhir lui a succédé. L’emprise des Seldjoukides est affaiblie par la querelle de succession qui a suivi la mort de Malik Chah.