Fils de Joachim 1er Nestor de Brandebourg et de Élisabeth de Danemark .
En 1537, Jean épouse Catherine de Brunswick-Wolfenbüttel , fille du duc Henri II de Brunswick-Wolfenbüttel et de Marie de Wurtemberg.
Avant son décès, son père avait rédigé un testament dans lequel il exprima sa volonté de répartir la principauté de Brandebourg entre ses fils. Joachim II Hector de Brandebourg reçut le margraviat [1] de Brandebourg, Jean 1er reçut, quant à lui, la principauté de Brandebourg-Küstrin. En 1535, Jean 1er établit sa résidence à Custrin [2], en 1536, il régna sur une principauté d’une superficie de 12 500 km². Jean 1er développa la ville de Custrin et commença la construction de la forteresse sur le rives de l’Oder [3].
À la différence de son frère aîné, Jean fut un homme très pieux. Doté d’une grande énergie, il posséda une grande intelligence dans les domaines de l’économie et de la politique. Il parvint à stabiliser son État économiquement et militairement.
De confession protestante, en 1538 il adhéra à la Ligue de Smalkade [4] et participa à la guerre de la Ligue de 1546/1547. Toutefois, Charles Quint lui accorda la liberté religieuse dans son État. Jean espéra acquérir le duché de Poméranie [5]. Lors de la réunion du Reichstag [6] à Augsbourg [7] en 1548, Charles Quint tenta d’imposer la réinsertion des protestants dans l’Église catholique, Jean 1er rejeta ce compromis et refusa de participer à la procession de la Fête-Dieu.
De retour dans sa principauté de Brandebourg-Küstrin il tenta de créer une alliance contre les Habsbourg, mais sans succès.
En 1556, il renonça au margraviat de Brandebourg-Kulmbach.
Il décéda 10 jours après son frère aîné, le 13 janvier 1571, il fut inhumé dans la crypte sous l’autel de l’église de Custrin.