Fils de Manuel II Paléologue et d’ Hélène Dragas .
Son père le place à la tête du despotat de Morée [1] à la mort de son oncle Théodore 1er , alors qu’il n’a qu’une dizaine d’années. Héritier présomptif de son frère, l’empereur Jean VIII, celui-ci lui préfère cependant son autre frère Constantin XI.
Théodore abandonne finalement toutes ses prétentions au trône en 1443 en échange de l’apanage de Constantin à Silivri [2]. Constantin lui succède à la tête du despotat, comme il succède à Jean VIII en 1448, année qui voit la mort de ses 2 frères aînés à quelques mois d’intervalle.
Théodore fut marié à Cléofa Malatesta , fille de Malatesta IV Malatesta, comte de Pesaro, et ils eurent une fille : Hélène Paléologue qui épousa en 1442 Jean II de Lusignan roi de Chypre [3].