Deuxième fils du duc Jean-Guillaume de Saxe-Weimar et de Dorothée-Suzanne de Simmern .
À la mort de son père, en 1573, son frère aîné Frédéric-Guillaume 1er devient duc. Il meurt à son tour en 1602, laissant 4 fils mineurs.
Jean II devient duc en leur nom, mais dès l’année suivante, un partage est effectué, Jean conserve la Saxe-Weimar [1], tandis que ses neveux deviennent ducs de Saxe-Altenbourg [2].
Le 7 janvier 1593, Jean II épouse Dorothée-Marie d’Anhalt , fille du prince Joachim-Ernest d’Anhalt .