Il appartient à une famille illustre, liée à la famille royale espagnole. Il est le frère du cardinal Antonio de Aragón-Córdoba-Cardona y Fernández de Córdoba .
Il est professeur à l’université de Tolède [1], chevalier de l’ordre d’Alcántara [2], chapelain principal de Tolède, archidiacre de Castro à Cordoue [3] et professeur à l’Instituta at Colegio de Santa Catalina de Toledo. En 1664-1666 il est vice-roi de Naples et en 1666 il est promu archevêque de Tolède.
Le pape Alexandre VII le crée cardinal lors du consistoire du 5 avril 1660. Il ne participe pas au conclave de 1667 [4], ni à celui de 1669-1670 [5] ou à celui de 1676 [6].
Le cardinal de Aragón est nommé membre du conseil de régence pendant la minorité de Charles II en 1675, mais y résigne pour rentrer à Tolède.