Fille aînée du duc François 1er de Bretagne et de sa seconde épouse, Isabelle d’Écosse , fille du roi Jacques 1er d’Écosse .
Conformément aux prévisions du traité de Guérande [1] de 1365, ni Marguerite ni sa sœur cadette, Marie , ne furent reconnues héritières du duché. François 1er avait donc pour héritier son frère Pierre de Guingamp.
Celui-ci, devenu duc et n’ayant pas d’enfant, pour éviter toute contestation ultérieure, fit épouser sa nièce Marguerite à François d’Étampes, deuxième dans l’ordre de succession, et la cadette Marie au plus grand baron de Bretagne, Jean II de Rohan .
Le 13 ou le 16 novembre 1455, au château de l’Hermine [2], à Vannes, Marguerite épousa donc son cousin François d’Étampes. Le 26 décembre 1458, Marguerite devint duchesse consort de Bretagne, à la suite de l’accession au trône de son époux. Le couple n’eut qu’un seul enfant, Jean, titré comte de Montfort-l’Amaury, qui ne vécut que du 29 juin au 25 août 1463.
Marguerite mourut donc sans descendance, le 25 septembre 1469 à Nantes. Son corps repose dans la cathédrale Saint-Pierre de Nantes [3], dans le tombeau réalisé pour François II et pour sa seconde épouse, Marguerite de Foix.