Né à Todi [1], fils d’un patricien nommé Fabrice. Avant son élévation au pontificat, Martin est apocrisiaire [2] à Constantinople. Élu pape 52 jours après la mort de son prédécesseur Théodore 1er, il est consacré dès le 5 août, sans avoir sollicité la confirmation de son élection par l’empereur, ou son représentant en Italie, l’exarque de Ravenne [3], ce qui est la règle à l’époque. Il n’est donc pas reconnu pape par les autorités byzantines.
Martin 1er réunit du 5 au 31 octobre 649, avec la collaboration du moine oriental Maxime le Confesseur, un concile d’une centaine d’Évêques dans l’Archibasilique Saint-Jean de Latran. Ce concile condamne le monothélisme [4], doctrine officielle de l’Empire depuis l’Ecthèse [5] de 638 et surtout le Typos [6] de 648. Toutefois, des doutes sont émis de nos jours sur la réalité ou au moins la dimension et la nature de cette assemblée. En tout cas, le pape Martin fait connaître en Italie, en Gaule et en Orient, la condamnation du monothélisme et du Typos par le Saint-Siège.
L’empereur Constant II charge l’exarque [7] Olympios de rétablir l’autorité impériale, d’imposer le Typos et peut-être d’arrêter le pape illégitime. Mais, confronté à une forte résistance de la population du Latium et des milices locales, Olympius se range du côté de Martin et se proclame empereur en 650. Il chasse du Palatin, les fonctionnaires fidèles à Constant II. Mais l’année suivante, en route vers la Sicile pour repousser une attaque musulmane, il meurt de la peste.
Ce n’est que le 17 juin 653 qu’un nouvel exarque, Théodore Calliopas , fait arrêter le pape en pleine basilique du Latran. Accusé de haute trahison, Martin est traité sans aucun ménagement par les soldats byzantins, qui le conduisent à Ostie [8] et l’embarquent le 19 juin pour Constantinople, où il arrive le 17 septembre. Il est fort mal traité pendant la traversée. Atteint de goutte, il se voit refuser tout soin, est très peu nourri et ne peut se laver. A l’arrivée, il est débarqué sur une civière. Une foule, certainement payée, l’attend dans le port et l’abreuve d’insultes. Enfermé dans la prison Prandaria, au milieu de détenus de droit commun, il y attend son procès.
Le procès a lieu le 20 décembre 653 devant le sénat, où Martin est encore conduit sur un brancard. L’interrogatoire est mené avec la plus grande brutalité par le patrice Boucoléon, qui exige que le pape se tienne debout, soutenu par deux soldats. Toute question de religion est écartée des débats. Martin se voit signifier qu’il n’est accusé que de trahison politique, notamment d’avoir inspiré l’usurpation d’Olympius.
Le pape est frappé par le sacellaire [9] Troïlos. ses vêtements sacerdotaux sont déchirés et il est quasiment dénudé par les soldats. Constant II assiste à cette audience depuis une tribune d’où il peut voir sans être vu.
Condamné à mort par écartèlement [10] et chargé de lourdes chaînes, il est conduit à la prison Diomède. Là, deux femmes compatissantes ayant accès à la prison, atténuent quelque peu la rigueur de sa détention. Transi de froid, il perd l’usage de la parole, mais peut faire passer un texte à ses partisans, dans lequel il fait état des avanies subies.
Le patriarche Paul II de Constantinople étant mort, son prédécesseur Pyrrhus , démis de ses fonctions au moment du renversement de l’impératrice Martine et de son fils Héraclonas, le 29 septembre 641, est rétabli le 9 janvier 654. Il meurt le 1er juin de la même année. Il est partisan du monothélisme, mais varie sur ce point. Proche de sa fin, il obtient de Constant II, la grâce du pape Martin, dont la peine est commuée en exil perpétuel en Chersonèse Taurique [11].
Le pape déchu est transporté en avril 654 à Cherson [12], capitale de la Chersonèse Taurique [13]. Il subit, en ce lieu, une détention rigoureuse qui hâte sa fin. Entre-temps, les autorités byzantines organisent l’élection d’un nouveau pape. Eugène 1er est élu le 8 septembre 654.