Né à Munich, fils de l’Électeur Ferdinand-Marie de Bavière et d’ Henriette de Savoie , il est le petit-fils de l’empereur Ferdinand II et arrière-petit-fils du roi Henri IV de France.
Il perd sa mère à l’âge de 14 ans. À la mort de son père trois années plus tard en 1679, il devient Électeur de Bavière. Il n’a alors que 17 ans et ses puissants cousins français et autrichiens, Louis XIV et Léopold 1er , rivalisent pour étendre leur influence sur cet adolescent qui est le premier Électeur du Saint Empire.
Dès l’année suivante, Louis XIV marie son héritier le Dauphin à la sœur de Maximilien, Marie-Anne de Bavière . En réponse, Maximilien épousa le 15 juillet 1685 Marie-Antoinette d’Autriche , fille de l’empereur Léopold 1er du Saint Empire et de Marguerite d’Espagne qui lui apporte en dot ses droits à la succession espagnole. Ils auront trois fils dont deux meurent en bas âge. Seul survit le dernier, Joseph-Ferdinand , né en 1692. Marie-Antoinette meurt des suites de ses couches à l’âge de 23 ans.
Veuf en 1692 Maximilien II se fiança à Léopoldine de Palatinat, fille de l’Électeur Philippe-Guillaume de Wittelsbach-Neubourg , mais la jeune fille mourut dès l’année suivante avant la célébration des noces.
En 1692, le roi Charles II d’Espagne nomme Maximilien gouverneur des Pays-Bas espagnols. Son principal conseiller était le vice gouverneur et comte Jean de Brouchoven . Peu après le petit Joseph-Ferdinand de Bavière est reconnu héritier du trône d’Espagne et des possessions espagnoles, que convoitent également les deux beaux-frères et cousins germains du roi d’Espagne, le roi de France Louis XIV et l’empereur Léopold 1er. Mais il meurt subitement l’année suivante, à l’âge de 7 ans, dans des rumeurs d’empoisonnement.
Entre-temps en 1695, Maximilien s’est remarié à Thérèse Sobieska, la fille du roi Jean III de Pologne son ancien compagnon d’armes et de Marie Casimire Louise de la Grange d’Arquien . Elle lui donne une nombreuse progéniture, dont Charles Albert qui lui succèdera.
Valeureux capitaine, il s’illustre devant Vienne contre les Turcs, au cours de la bataille du Kahlenberg [1] en 1683 remportée par Charles V de Lorraine . Il récupéra la ville de Belgrade aux turcs lors du Siège de Belgrade [2] en 1688, avec l’aide du chef de guerre serbe Jovan Monasterlija . C’est sous le gouvernement de Maximilien qu’a lieu le siège et le bombardement de Bruxelles [3] par le maréchal de Villeroy en 1695. Il prend une part non négligeable aux travaux de reconstruction de la ville, ainsi qu’à l’édification du Théâtre de la Monnaie [4] par Gio Paolo Bombarda .
Durant la guerre de Succession d’Espagne [5], il choisit le parti de la France et se rallie à Philippe V , peut-être à cause de la rumeur qui accusait la cour de Vienne dans l’empoisonnement de son fils. Il remporte la première bataille de Höchstädt [6] contre les impériaux du comte de Stirum, avant d’être vaincu par le duc de Marlborough John Churchill à Ulm [7] et par le prince Eugène à Höchstädt.
En compensation à la perte de ses états d’Allemagne, Maximilien-Emmanuel de Bavière reçut la souveraineté de Namur, qui devint ainsi la capitale d’un petit état souverain de 1711 à 1714. Le prince régna avec faste sur son domaine, qui contenait aussi le Luxembourg et quelques places hennuyères.
Le conflit, long et sanglant, ne prit fin qu’en 1714. Maximilien-Emmanuel put retrouver ses états et son titre de prince-électeur, mais ses espoirs de devenir roi s’étaient évanouis, ce qui le contraria d’autant plus que d’autres électeurs accédaient entretemps à la couronne, à savoir le duc de Saxe, élu roi de Pologne en 1697, le margrave de Brandebourg, devenu roi "en" Prusse en 1701, et même le duc de Hanovre en 1714 par union personnelle avec le Royaume-Uni.
Les années suivantes furent plutôt calmes. Il les employa à poursuivre l’édification du nouveau Château de Schleissheim [8] et lança la construction du Château de Fürstenried [9]. Collectionneur avide, il acquit pour la somme de 90 000 florins brabançons une collection de 101 tableaux, dont douze toiles de Pierre Paul Rubens, qui constitue aujourd’hui une partie du fonds de l’Alte Pinakothek [10] de Munich. Pour son orchestre, il faisait venir les instruments de musique des fournisseurs de la cour de France, notamment Pierre Naust à Paris.
En signe de réconciliation avec les Habsbourg et peut être dans l’espoir d’obtenir la succession à l’empire, les Habsbourg n’ayant pas de descendance mâle, il maria son fils Charles-Albert en 1722 avec la fille de l’empereur, Marie-Amélie d’Autriche .
Maximilien-Emmanuel mourut en 1726 d’une attaque d’apoplexie et fut inhumé dans la Theatinerkirche [11] à Munich. Son cœur fut enchâssé dans un reliquaire d’argent et déposé dans la Gnadenkapelle d’Altötting [12].