Fils d’Albert V de Bavière dit "Le Magnifique" et de Anne d’Autriche et petit-fils de l’empereur Ferdinand 1er du Saint Empire. Il est évêque de Freising, d’Hildesheim et de Munster, Archevêque Électeur de Cologne en 1583, prince abbé de Stavelot en 1581. Il ne reçut jamais les ordres. Il devient prince évêque de Liège en 1581 jusqu’en 1612.
Il fonde les premiers séminaires à Liège et à Saint-Trond, assure le développement des exploitations houillères et l’installation des usines métallurgiques. On lui doit quelques édits importants concernant les areines. L’homme d’affaires Curtius lui est contemporain. Il cède son palais d’Outremeuse pour créer l’Hôpital de Bavière qui est resté en service jusqu’à la fin du 20ème siècle.
Malgré ses tendances pro espagnoles, il maintient la neutralité liégeoise et y met un point d’honneur. Comme ses prédécesseurs, il se montre dur envers les protestants. Il impose les décrets du Concile de Trente au clergé, malgré les plaintes de celui-ci.
Concernant la dynastie des Bavière, le dauphin est coadjuteur. C’est-à-dire que le prince évêque peut choisir une personne de sa famille pour lui succéder. C’est ainsi que la dynastie de Bavière va régner pendant 136 ans à Liège. De ce fait, Ferdinand de Bavière, 11 ans, devient coadjuteur de son oncle en 1601
En 1602, son règne marque également un tournant important pour la semi démocratie liégeoise : tous les liégeois sont obligés de s’inscrire dans un des Trente-deux métiers de Liège, et chaque métier a le droit de prendre part aux décisions de la Principauté, ce qui amoindrit le pouvoir du prince évêque. Le calendrier grégorien entre en vigueur sous son épiscopat, en 1583.
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