C’est à son père Henri d’Albret qu’elle succède en 1550. Le royaume dont elle hérite est amputé de toute la partie méridionale que l’Espagne a annexée.
C’est pour tenir tête au nord à François 1er, au sud à Charles Quint, que Jeanne épousa, 2 ans avant de monter sur le trône, Antoine de Bourbon.
Fidèle au catholicisme, elle admet dans son royaume une certaine liberté de conscience. C’est un même souci d’équilibre qui l’amène à ménager l’Espagne autant que la France. C’est dans ce souci qu’elle accepte, après l’édit de Saint-Germain d’août 1570, de marier son fils Henri le futur Henri IV à la sœur du roi de France Charles IX, Marguerite de Valois. Elle meurt, le 9 juin 1572, à Paris où elle est venue pour les noces de son fils, qui doivent signifier la réconciliation des protestants et des catholiques.