Il étudia et enseigna le droit à Toulouse, où en 1559 il prononça son "Oratio de instituenda dans le juventute de republica", sur l’instruction publique de la jeunesse. À l’âge de 40 ans il est allé à Paris. Par son "cognitionem de historiarum de facilem d’annonce de Methodus" en 1566 il créa la base de la philosophie de l’histoire. Dans ses "paradoxes de M. De Malestroit, monnaies touchant de le fait des et choses de Réponse de l’eneherissement de toutes" en 1568, il développa sa thèse sur la nécessité du libre échange. Il est l’auteur du traité “De la République”. Il y développe les principes d’une monarchie tempérée par les états généraux.
Il représente l’anti-Machiavel dans le domaine de la science morale et politique. À la différence de Cujas et des jurisconsultes qui se sont confinés à l’observation de l’antiquité grecque et romaine, il a utilisé l’histoire moderne de l’Allemagne, de l’Angleterre, de l’Espagne, et de l’Italie. Durant les guerres de religion, il a cru qu’une restauration de l’ordre pourrait être accomplie grâce à la tolérance religieuse et à l’établissement d’un monarque entièrement souverain.
En 1576 il fut choisi comme député du tiers État aux États Généraux de Blois où il soutint la cause des Réformateurs, encourant de ce fait le mécontentement royal. 14 ans après en 1590 il devint Mandataire Général à Laon.
Cet adepte de la sorcellerie a laissé un manuscrit connu sous le nom de "colloque Heptaplomeres" qui propose un certain spiritualisme rationaliste. Tous les travaux de Bodin ont été placés à l’index en 1628.
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