Né au château de Pont-d’Ain [1], fils du duc de Savoie, Philippe II et de Marguerite de Bourbon (1438-1483) .
Il passe une partie de son enfance à la Cour de France, auprès de son oncle maternel,Pierre de Bourbon-Beaujeu, époux d’Anne de France. Il participe aux guerres d’Italie au côté de Louis XII. En 1497, il succède à son père à la tête du duché de Savoie [2].
Il épouse, en premières noces, le 12 mai 1496, sa cousine Yolande-Louise de Savoie , héritière de la branche aînée de la famille, Philippe II et Philibert appartenant à la branche cadette. Mais la jeune femme meurt très vite. Philibert, chasseur passionné, laisse le gouvernement de ses États à son demi-frère, René de Savoie fils naturel de Philippe II et passe son temps en occupations frivoles.
En 1501, il se remarie àMarguerite d’Autriche, fille de l’empereur Maximilien 1er du Saint Empire et marraine de Charles Quint. Fin octobre ou début novembre a lieu à Dole [3] le mariage par procuration entre le duc, représenté par son demi frère René de Savoie, et Marguerite.
La vie de Philibert le Beau va être bouleversée par cette union. En effet, cette jeune et belle princesse de 21 ans va séduire son mari, prendre sur lui une grande influence, et Marguerite fera chasser René de Savoie, après un procès infamant. Afin de maintenir sa neutralité, Philibert II refuse aux Français en 1502 le passage par ses États pour pénétrer en Italie du nord ; les forces du roi de France empruntent alors les vallées contrôlées par le marquisat de Saluces [4], ce qui permet à la Savoie de rester à l’écart du conflit.
Philibert meurt en 1504, âgé seulement de 24 ans, après un refroidissement [5] attrapé durant une partie de chasse à laquelle il avait voulu participer, bien que grippé, en dépit de l’avis contraire de son épouse l’archiduchesse Marguerite d’Autriche. Il laisse le duché de Savoie à son demi-frère Charles II de Savoie .
Marguerite d’Autriche fait construire l’église de Brou [6], en hommage à son mari, dans laquelle elle l’enterre avec sa mère Marguerite de Bourbon.
Son cœur est déposé dans l’église de Pont-d’Ain. Cette dernière est détruite lors d’une crue en 1623.
Après sa mort en 1504, son frère René, bâtard de Savoie, accusa Jacques de Bussy, seigneur d’Erya, d’avoir fait empoisonner et tuer le duc Philibert II par le moyen d’un médecin piémontais, qui aurait façonné deux pommes de senteur empoisonnées. Le médecin fut arrêté, torturé et dénonça ses hypothétiques complices. Jacques de Bussy, seigneur d’Eyria fut enfermé à Chillon [7], parvint à s’enfuir à Berne [8] pour y demander protection.