Né à Bar-sur-Seine [1], fils de Gui Vignier, avocat du roi, et d’Édmonde de Hors, tous deux appartenant à des familles nobles anciennes. Il a fait une partie des études à Paris, où il s’est appliqué à la jurisprudence conformément à la volonté de son père.
Nicolas Vignier est devenu calviniste assez tôt, l’obligeant à se réfugier en Allemagne. Il est alors devenu médecin en abandonnant la jurisprudence qu’il ne pouvait pratiquer sans connaître la langue du pays. Il y a pratiqué la médecine avec réputation ce qui l’a amené à intervenir à la Cour de quelques princes allemands. Cette profession n’a pas occupé tout son temps, lui permettant d’entreprendre sa Bibliothèque historiale.
Ayant décidé de revenir en France, il s’est converti au catholicisme, mais sa femme refusant d’abjurer est restée en Allemagne.
Le roi Henri III voulant l’attirer à sa Cour l’a nommé, du Camp devant Pontoise, son médecin personnel et historiographe du roi, et lui a envoyé un brevet de conseiller d’État [2] le 29 juin 1589.
Dans un important traité de droit et d’histoire, il s’élève avec force contre Bertrand d’Argentré, inflexible partisan d’un droit féodal et coutumier. À travers sa réfutation de l’histoire de Bretagne, l’auteur tente de montrer les droits de la couronne de France sur cette région et de montrer la valeur de l’unification de droit en s’appuyant indirectement sur le droit romain.
Après sa mort, ses fils firent imprimer à Leyde [3] en 1601 son Histoire Ecclésiastique, à laquelle il n’avait pu mettre la dernière main. Ils la dédièrent à Maximilien de Béthune.
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