Fille du duc Philippe de Souabe de la maison de Hohenstaufen [1], roi des Romains, et de son épouse, née Irène de Byzance dite Irène Ange, fille de l’empereur Isaac II Ange.
Elle a 3 sœurs, toutes mariées avec de hauts souverains. Son destin est tôt fixé, puisque le roi Philippe son père engage des négociations avec Ottokar 1er dès 1207 pour la marier avec Venceslas, futur roi de Bohême. L’année suivante, son père est assassiné et quelques mois plus tard sa mère meurt en couches.
Cunégonde doit se rendre aussitôt à la cour de Prague auprès de son fiancé. Elle l’épouse en 1224. Leur couronnement a lieu en 1228, 2 ans avant la mort du père de Venceslas.
Elle apporte en dot 2 tonnes et demi d’argent qui servent, non seulement à renforcer la politique du royaume, mais aussi à agrandir le château de Prague [2]. Elle fait venir aussi bien des artistes que des chevaliers à Prague.
La reine Cunégonde et le roi Venceslas 1er ont 5 enfants. Cunégonde ne s’immisce pas dans la politique intérieure et s’inspire d’ Agnès de Bohême fondatrice des clarisses [3] de Prague [4] dans le domaine religieux. Elle est la fondatrice de plusieurs monastères, dont l’abbaye de Marienthal [5] en Lusace [6], aujourd’hui en Saxe [7].
Son époux est fortement affligé de la mort le 3 janvier 1247 de son fils aîné qui en s’alliant avec Gertrude de Babenberg une nièce du duc d’Autriche Frédéric II dit le Querelleur permettait au royaume de Bohême [8] d’augmenter son influence en Autriche [9].
Ottokar II est élu par les chevaliers roi de Bohême le 31 décembre 1247 et Venceslas 1er, son père, est obligé de quitter Prague, ce que ne fait pas Cunégonde, dont Ottokar est le fils préféré.
Elle assiste au début de la guerre entre le père et le fils, et meurt quelques mois plus tard. Ni son mari, ni son fils n’assistent à ses funérailles.
Finalement la rébellion d’Ottokar est brisée, il est emprisonné quelque temps, puis libéré et se réconcilie avec son père en novembre 1249.