Fils aîné du grand-duc de Toscane [1] Cosme III et de Marguerite-Louise d’Orléans . Il a une sœur Anne-Marie-Louise qui, à défaut de pouvoir épouser le dauphin de France, sera mariée en 1691 à l’Electeur Jean-Guillaume de Palatinat , beau-frère de l’empereur Léopold 1er et un frère Jean-Gaston marié en 1697 à Anne-Françoise de Saxe-Lauenbourg.
La mésentente existant entre ses parents, qui conduit finalement à leur séparation en 1675, l’amène à se rapprocher davantage de sa mère : comme elle, Ferdinand aime les plaisirs mondains, les arts et la musique, il est lui-même musicien, alors que ses rapports avec son père, homme profondément religieux et bigot, sont toujours tendus.
En 1689, il épouse Violante-Béatrice de Bavière, sœur de la dauphine de France et fille du Duc-électeur Ferdinand-Marie de Bavière et d’ Henriette-Adélaïde de Savoie .
Libertin notoire, Ferdinand contracte la syphilis durant une visite au carnaval de Venise en 1696. La maladie aurait entraîné sa folie puis sa mort, en 1713, avant d’être monté sur le trône.
Ferdinand de Médicis est surtout connu comme patron des arts : dans sa Villa Pratolinoaujourd’hui Villa Demidoff il a fait construire un théâtre conçu par Antonio Maria Ferri .
Dans la villa de Poggio a Caiano [2] il a rassemblé dans une seule chambre appelée Gabinetto delle opere in piccolo di tutti i più celebri pittori [3], une extraordinaire collection de peintures de petites dimensions avec au moins 174 tableaux d’autant de peintres différents, parmi lesquels Albrecht Dürer, Léonard de Vinci, Raphaël, Rubens, etc.
C’est Nicolo Cassana , peintre de cour à partir de 1683, qui devient l’agent, le conseiller, le copiste et le restaurateur de tableaux de Ferdinand.
Agnolo Gori lui présenta Bartolomeo Bimbi qui exécuta pour lui à partir de 1685, de nombreux tableaux d’animaux, de fleurs et de fruits, représentations d’après nature, d’une extrême précision scientifique. La plupart de ces œuvres se trouvent aujourd’hui dans le musée de la nature morte qui occupe le second et dernier étage de la Villa médicéenne de Poggio a Caiano.
Parmi les compositeurs qu’il a introduits à la cour grand-ducale on trouve Alessandro Scarlatti et le jeune Georg Friedrich Haendel .
En 1688, de passage à Padoue [4], il engage à son service, en qualité de gardien de ses instruments de musique, Bartolomeo Cristofori , l’inventeur du piano-forte [5], instrument précurseur du piano.
L’“estro armonico”, recueil de douze concertos pour instruments à cordes d’Antonio Vivaldi (opus 3), sorti des presses d’ Estienne Roger en 1711 et qui marque une date capitale dans l’histoire de la musique européenne, lui est dédié.